ปะการังนั้นมีการสืบพันธุ์ 2 แบบ คือ 1. แบบอาศัยเพศ และ 2. แบบไม่อาศัยเพศ ซึ่งการสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศในปะการังเกิดขึ้นได้หลายลักษณะ ที่พบได้ทั่วไปคือการแตกหักจากก้อนปะการังเดิม (fragmentation) อาจเกิดจากคลื่นลมตามธรรมชาติ หรือกิจกรรมจากมนุษย์ ถ้าส่วนที่หักตกอยู่ในสภาวะที่เหมาะสมก็จะสามารถเจริญเติบโตเป็นโคโลนีใหม่ ส่วนการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศ ระบบสืบพันธุ์ของปะการังมีทั้งแบบที่แยกเพศ และมีสองเพศในโคโลนีเดียวกัน โดยส่วนใหญ่ปะการังจะเป็นกะเทย คือ มีเพศผู้และเพศเมียในตัวเดียวกัน ประมาณร้อยละ 75 ของปะการังจะปล่อยไข่และน้ำเชื้อออกมาผสมและเกิดการปฏิสนธิเป็นตัวอ่อนในมวลน้ำ (external fertilization) หรือเรียกว่ากลุ่มที่เป็น spawner

 โดยส่วนใหญ่ทำการปล่อยเซลล์สืบพันธุ์เป็นจำนวนมากเพียงครั้งเดียวในรอบปี ส่วนอีกกลุ่มเป็นพวกที่มีการปฏิสนธิภายในโคโลนี แล้วปล่อยตัวอ่อนระยะว่ายน้ำ (planula larvae) ออกมาในมวลน้ำภายหลัง ตัวอ่อนปะการังใช้ระยะเวลาล่องลอยอยู่ในมวลน้ำแตกต่างกันไปในแต่ละชนิด จากนั้นจึงลงเกาะในพื้นที่ที่เหมาะสม ซึ่งส่วนใหญ่เป็นพื้นที่แข็งหรือซากปะการัง